Scanpy를 활용한 단일 세포 RNA-seq 분석 파이프라인 구축 방법
이번 튜토리얼에서는 PBMC-3k 벤치마크 데이터셋을 활용하여 Scanpy를 통한 고급 단일 세포 RNA-seq 분석 워크플로우를 소개합니다. 먼저 데이터셋을 로드하고, 그 구조를 점검한 후, 유전자 수, 총 수치, 미토콘드리아 내용물 및 리보솜 유전자 신호를 평가하기 위한 품질 관리 체크를 수행합니다. 이후 저품질 세포와 유전자를 필터링하고, 잠재적인 더블렛을 탐지하는 과정을 진행합니다. 이 튜토리얼은 단일 세포 RNA-seq 분석에 대한 깊이 있는 이해를 제공하며, 데이터 과학 및 소프트웨어 엔지니어링 분야의 응용에 중점을 두고 있습니다.
출처: Mark Tech Post
요약번역: 미주투데이 김지호 기자